4D-Nucleofector® システムはコアユニットをベースシステムとして、様々な拡張機能ユニットを単独あるいは複数接続して使用することができます。Xユニットは、接着・浮遊細胞共に、細胞を懸濁状態で遺伝子導入を行うスタンダードなユニットです。Yユニットは、24ウェルプレート上で培養させ、細胞を接着状態で遺伝子を行うためのユニットです。96-well ユニットは、96ウェルフォーマットでの多検体処理ユニットです。これらのユニットは縦に重ねて設置することが可能であり、スペースを取りません。また、全ての消耗品には蓋が付いているため、機器本体をクリーンベンチで使用する必要はありません。